上市、上櫃公司轉讓或註銷其依證券交易法第28條之2規定購買庫藏股票所產生之損失，依據財務會計準則公報第30號「庫藏股票會計處理準則」第10段及第13段規定，應先沖抵同種類庫藏股票交易所產生之資本公積，如有不足，再借記保留盈餘。依據財政部92年12月4日台財稅字第0920456602號令第2點規定，庫藏股票交易損失於沖抵同種類庫藏股票交易所產生之資本公積，仍有不足而沖抵保留盈餘後，如有以當年度(指庫藏股票交易年度)之稅後盈餘沖抵部分，該沖抵之金額可列為計算所得稅法第66條之9規定未分配盈餘之減除項目，惟沖抵之保留盈餘如屬尚未申報及加徵10％營利事業所得稅之上年度盈餘部分，不得列為計算該年度未分配盈餘之減除項目。
財政部表示，配合95年5月30日修正公布之所得稅法第66條之9之規定，應加徵10%營利事業所得稅之未分配盈餘以依商業會計法規定處理之可供分配盈餘為準，為使加徵10％營利事業所得稅之未分配盈餘更趨近於營利事業實際保留盈餘，該部爰核釋自95年度以後年度起之庫藏股票交易損失，於依序沖抵同種類庫藏股票交易所產生之資本公積、86年度以前年度保留盈餘及87年度及以後年度之保留盈餘，其屬依序沖抵庫藏股票交易上年度及當年度稅後盈餘部分，得分別列為計算庫藏股票交易上年度及當年度應加徵10%營利事業所得稅未分配盈餘之減除項目。舉例說明如下：
假設B公司96年3月1日轉讓庫藏股票發生損失2,100萬元，帳載相關股東權益科目及該損失沖抵金額如附表：
B公司庫藏股票交易損失(2,100萬元)於依序沖抵同種類庫藏股票之交易所產生之資本公積(500萬元)、86年度以前年度保留盈餘(300萬元)或87年度至庫藏股票交易上上年度(94年度)之保留盈餘(600萬元)後，仍有不足而再沖抵庫藏股票交易上年度(95年度300萬元)及當年度(96年度400萬元)稅後盈餘時，得分別列為計算庫藏股票交易上年度及當年度應加徵10%營利事業所得稅未分配盈餘之減除項目。
財政部說明，營利事業
依前開財務會計準則公報規定沖抵保留盈餘時，如有由87年度以後年度之累積未分配盈餘沖抵者，該沖抵之未分配盈餘所含之可扣抵稅額，仍應依財政部92年12月4日台財稅字第0920456602號令第3點及第4點規定計算，自當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除。公司如有以轉讓或註銷庫藏股票所產生之損失沖抵87年度以後年度之保留盈餘者，其所含之可扣抵稅額應依前開規定自沖抵當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除，以避免產生超額分配情形。
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