財政部表示，為解決營利事業分配予非中華民國境內居住之個人及總機構在中華民國境外之營利事業(以下簡稱非居住者股東)股利或盈餘，未按「實際繳納之稅額」計算得抵繳之稅額，致超額抵繳，造成國庫補貼非居住者股東之不合理情形，該部爰配合98年4月22日修正公布所得稅法第73條之2及98年11月18日修正發布同法施行細則第61條之1，明定營利事業自99年1月1日分配盈餘起，非居住者股東獲配股利總額或盈餘總額所含稅額，其屬未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅(以下簡稱未分配盈餘稅)部分實際繳納之稅額，得抵繳該股利淨額或盈餘淨額之應扣繳稅款之計算公式，並規定營利事業應於辦理98年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報截至98年12月31日止已實際繳納之各年度未分配盈餘稅之餘額，以利以後年度正確計算分配予非居住者股東得抵繳之稅額。
配合上開修正規定，財政部除於98年度營利事業所得稅結算申報書新增第17-1頁格式供填寫外，亦於本(99)年3月30日針對該項餘額計算之相關疑義，發布解釋令予以明確規範，其內容如下：
(一) 營利事業應於辦理98年度營利事業所得稅結算申報時，依其87年度至98年度實際繳納之營利事業所得稅、分配股利或盈餘情形及實際自非居住者股東獲配股利淨額或盈餘淨額之應扣繳稅額中減除之未分配盈餘稅稅額等相關資料，核實填報其截至98年12月31日止已實際繳納之各年度未分配盈餘稅之餘額，由稽徵機關審查認定。
(二)營利事業無法依前開規定核實填報者，應依98年度營利事業所得稅結算申報書第17-1頁格式與填表須知計算截至98年12月31日止已實際繳納之各年度未分配盈餘稅之餘額；該計算之餘額如大於同日股東可扣抵稅額帳戶期末餘額，應以該帳戶之期末餘額為限。
(三)營利事業未依前2點規定填報，經稽徵機關依查得資料核定之餘額為負數者，稽徵機關將函請營利事業於規定期間提供第1點規定之相關資料及計算表，據以核實計算其餘額；營利事業逾期未提供者，稽徵機關應依查得資料核定。
(四) 營利事業之股利或盈餘分配日在財政部96年10月22日台財稅字第09604545780號函發文日至98年12月31日間，未依該函規定計算得抵繳非居住者股東獲配股利淨額或盈餘淨額應扣繳稅額之金額，致超額抵繳稅額，且未經稽徵機關查獲者，稽徵機關將加強輔導扣繳義務人於99年5月31日以前，依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補繳短扣之稅額及補辦扣繳申報，並自原定應扣繳稅款繳納期限屆滿之次日起至補繳短扣稅額之日止，按日加計利息一併徵收，免依所得稅法第114條規定處罰；其於99年6月1日以後，經稽徵機關查獲者，無上開加計利息免罰規定之適用。
(五)依前4點規定填報或核定之餘額仍為負數者，以該負數為營利事業99年度之期初餘額，並以其繼續繳納之未分配盈餘稅稅額沖抵，至其餘額為正數時，始得依規定計算得抵繳非居住者股東獲配股利淨額或盈餘淨額應扣繳稅額之金額。
財政部說明，營利事業填報截至98年12月31日止已實際繳納之各年度未分配盈餘稅之餘額，係為利其99年度以後併同盈餘分配予非居住者抵繳其應扣繳稅額，營利事業應正確填報，俾保障非居住者股東之權益；營利事業如無非居住者股東且預計以後年度亦無非居住者股東者，得免依前開規定填報。另外，財政部提醒營利事業如有遺失相關年度之股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表(ICA)核定通知書之情事，可向所轄稽徵機關申請補發，俾利填報。
財政部並重申營利事業自該部96年10月22日函發文日後之盈餘分配案件，即應依該函規定計算得抵繳非居住者股東獲配股利淨額或盈餘淨額之應扣繳稅額，以免多計可抵繳稅額。本次配合營利事業應於辦理98年度營利事業所得稅結算申報時填報截至98年12月31日未分配盈餘稅餘額之規定，該部再次提醒營利事業如有未依該函規定辦理致多計可抵繳稅額，且未經稽徵機關查獲者，應於99年5月31日前依稅捐稽徵法第48條之1規定自動加計利息補繳短扣之稅額及補辦扣繳申報，並免依所得稅法第114條規定處罰。如逾期未依前開規定辦理嗣經稽徵機關查獲者，仍應依法責令補繳短扣之稅款及處罰。
相關附件：
財政部賦稅署 2010/3/30
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