南區國稅局表示，依據財政部66年3月9日台財稅字第31580號函規定：「公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前3年（現行規定10年）各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。」
該局最近查獲一家公司96年度營利事業所得稅結算申報案，發現該公司申報適用所得稅法第39條規定，將94年度虧損9百餘萬元，自全年所得額中扣除，惟經查該公司94年度有取得免計入所得額之投資收益計2百餘萬元，應先抵減94年度核定虧損數後，以其餘額7百餘萬元自96年度全年所得額扣除，經重新調整後，除補徵稅額50餘萬元外，並自結算申報期限截止之次日起，至繳納補徵稅額之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。
該局特別提醒營利事業，如申報適用所得稅法第39條規定時，應特別注意上述函釋規定，以免造成困擾，影響自身權益。
審查一科 黃稽核 06-2298014
財政部臺灣省南區國稅局 2010/5/21
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