關稅總局為配合經濟部公告開放海峽兩岸貨物，經由金門、馬祖或澎湖轉運者，得於臺灣本島通關放行，不再侷限於需向金門、馬祖或澎湖當地海關辦理進、出口通關事宜，特制定「臺灣本島通關之進出口貨物於金門馬祖澎湖轉運作業規定」，並於99年5月21日公布實施，各關稅局亦將於近期舉辦宣導說明會，希望相關業者踴躍參加，以利業務之推展。
該作業規定所規範之轉運物品，包括：
一、准許輸入臺灣本島之大陸地區物品：指該物品須先卸存金門、馬祖或澎湖，並辦妥轉運手續，始轉運至臺灣本島通關放行。
二、准許輸往大陸地區之臺灣地區物品：指該物品須於臺灣本島完成查驗及通關，並於金門、馬祖或澎湖之兩岸通航港口完成卸存結關程序，始輸往大陸地區。
自大陸地區進口轉運至臺灣本島通關之貨物，因屬未稅貨物，故需以貨櫃或保稅貨箱加封轉運，申請轉運時應檢附承諾書、運送路線計畫表及個案委任書向海關辦理，經海關核准後，業者應製作裝船(機)之貨櫃(保稅貨箱)清表，並憑運送單將貨物運送至臺灣本島之貨櫃集散站或貨棧進儲，嗣後再向海關申報貨物進口。
至於臺灣本島之出口貨物於本島完成通關並以貨櫃或保稅貨箱加封，業者應製作裝船(機)之貨櫃(保稅貨箱)清表，並憑運送單運往金門、馬祖或澎湖，於當地完成卸存及辦妥船隻結關手續後，出口貨物始准運往大陸地區。
財政部關稅總局 2010/5/25
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